农业经济与农村基层组织财务研究中心，其前身是民营企业会计研究所。随着研究重心逐步向农业经济与农村基层财务领域倾斜，于 2024 年 11 月正式更名为农业经济与农村基层组织财务研究中心。研究中心以规范农村财务核算与管理、助力农业经济发展、推动农村基层治理现代化为核心定位。研究中心由马桂芬副教授担任副主任，成员包括姚凤民教授、刘善球教授、陈平副教授等27人。研究中心的研究方向主要包括：（1）农村财务信息化，包括农村财务信息化制度建设研究、加强农村信息化人才培养、；（2）农村会计治理，包括建立农村会计制度与规范、农村会计人员化人才培养等；（3）村级财务管理，包括建立财务监督机制、审计制度等。